平成23年度の税制改正で、消費税の仕入税額控除について、課税仕入等の全額を控除することができる、いわゆる95％ルールの適用は、課税売上高が5億円以下の事業者に限ることとされました。

これにより、平成24年4月1日以後に開始する課税期間から、課税売上高が5億円を超える事業者は、課税売上割合が100％でない限り「個別対応方式」又は「一括比例配分方式」により、控除対象仕入税額の計算を行うこととなります。課税売上高5億円超ということで、大企業のみならず、中小規模の事業者も、経理システムの変更が必要となるケースもあるでしょう。

「個別対応方式」を採用する場合、課税期間中の課税仕入れを、
（1）課税売上にのみ要するもの
（2）非課税売上にのみ要するもの
（3）共通に要するもの

の3つに区分する必要があり、消費税法基本通達11-2-12（課税資産の譲渡等にのみ要するものの意義）では、課税仕入れ等に該当するものを、また11-2-15では（課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等にのみ要するものの意義）が定められています。

なお、事務負担等を考慮するのであれば、課税仕入れ等に係る消費税額に課税売上割合を乗じて、控除対象仕入税額を算出する「一括比例配分方式」を適用することも考えられます。