企業の実務上、すでに年末調整は終了しており、対象となる従業員の所得税の精算については完了しているのが原則です。そのため、それらの従業員は別途確定申告をする必要はありませんが、場合によっては確定申告をした方がよい従業員が発生する可能性もあります。

たとえば、年末調整のために必要な書類などを提出し、企業内で12月の給与計算事務が完了した後、その年の内に子供が生まれたような場合は、その年分の所得税の計算上、扶養控除を受けることができるため、その年分の所得にかかる所得税が発生している人については、確定申告をすれば還付を受けることができます。また、同様のタイミングで一定の所得以下の配偶者と結婚した場合は、配偶者控除や配偶者特別控除を受けることができるため、やはり確定申告をすれば還付を受けられます。

また、本人または生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費の額が年間10万円を超える場合は医療費控除を受けることもできます。企業の給与計算担当者及び総務担当者は、そのようなケースについては該当者にその旨を知らせてあげるべきでしょう。なお、確定申告は2月16日から3月15日までに本人の住所地を管轄する税務署にて確定申告を行う必要があります。