確定申告を終えた後で、計算ミス等、申告内容に誤りがあることに気が付いた場合の手続きですが、確定申告期間内（例えば平成23年分の所得税については、平成24年3月15日まで）であれば、申告書の差替えが認められます。

所得税基本通達120－4 「同一人から2以上の申告書が提出された場合」では、特段の申出がない限り、法定申告期限内の最後に提出された申告書を納税者の真意に基づく申告書として取扱うことが示されており、その注書きでは、この取扱いは、事務に支障のない限り、申告書の差替えを認める趣旨であることが明文化されています。実際には、申告書Bと第5表により訂正を行うこととなり、法定申告期限内の訂正であれば、延滞税や加算税は賦課されません。

一方、確定申告期間終了後に誤りに気づいた場合ですが、税額を少なく申告していたときも申告書Bと第5表により修正申告を行うこととなります。この場合には、申告金額等によっては、過少申告加算税等がかかることがあるので気を付ける必要があります。

また、税額を多く申告していた場合には、「更正の請求」により、正しい税額に訂正することとなり、平成23年分の所得税については、平成29年3月15日まで更正の請求ができることとなります。